Criado em 31 de julho de 1969, por meio do Decreto Lei nº 719, tem a finalidade de dar apoio financeiro aos programas e projetos prioritários de desenvolvimento científico e tecnológico, notadamente para a implantação do Plano Básico de Desenvolvimento Científico Tecnológico (PBDCT) e regulamentado pela Lei do FNDCT (Lei nº 11.540/07) e Decreto nº 6.938/09.

O Fundo é gerido pela Financiadora de Estudos e Projetos (FINEP), empresa pública vinculada ao Ministério da Ciência, Tecnologia e Inovação. A empresa tem o objetivo de desenvolver o Brasil econômica e socialmente por meio do investimento público em Ciência, Tecnologia e Inovação em projetos que abrangem empresas, universidades e outras instituições públicas e privadas.